دنیل بواتنگ در سپتامبر ۲۰۰۳ به آکادمی جوانان آرسنال پیوست و رده‌های سنی مختلف را طی کرد. در ۲۰ ژوئیه ۲۰۰۹، او نخستین بازی خود را برای تیم رزرو آرسنال در یک دیدار دوستانه مقابل لینکولن سیتی انجام داد. او در ژوئیه ۲۰۱۰ نخستین قرارداد حرفه‌ای خود را با آرسنال به امضا رساند. بواتنگ نخستین بازی رسمی خود را برای تیم اصلی آرسنال در جریان رقابت‌های جام اتحادیه مقابل بولتون در ۲۵ اکتبر ۲۰۱۱ انجام داد.
در طول فصل ۲۰۱۱/۱۲، بواتنگ در برخی دیدارهای تیم رزرو آرسنال بازوبند کاپیتانی را بر بازو بست.
در ۳۱ ژانویه ۲۰۱۴، بواتنگ با قراردادی قرضی به باشگاه هیبرنین در سوپر لیگ اسکاتلند پیوست.
در پایان فصل ۲۰۱۳/۱۴، با پایان یافتن مدت قراردادش، از باشگاه آرسنال جدا شد.