در ۲۹ اکتبر ۱۹۹۸، فابین کابایرو برای باقی‌مانده فصل ۱۹۹۸/۹۹ لیگ برتر از سرو پورتیو به آرسنال قرض داده شد (با گزینه انتقال دائمی)، جایی که شماره ۲۶ به او اختصاص یافت. کابایرو همچنین بخشی از تیم ذخیره‌های باشگاه بود که در لیگ برتر ذخیره‌های فصل ۱۹۹۸/۹۹ بازی کرد و با کسب ۴۵ امتیاز و قرار گرفتن تیم در رتبه نهم جدول، در ۱۶ حضور خود در لیگ هشت گل به ثمر رساند. او در تیم ذخیره‌ها در کنار نوانکو کانو، آلبرتو مندز، جیسون کرو و کابا دیاوارا بازی می‌کرد. اولین گل او برای تیم ذخیره‌ها در شکست خارج از خانه ۴-۱ مقابل ویمبلدون در ۴ نوامبر به ثمر رسید. کابایرو در سه مسابقه بعدی نیز موفق به گلزنی شد: در تساوی خانگی ۳-۳ با فولام (۱۶ نوامبر)، پیروزی خارج از خانه ۲-۱ مقابل بورنموث (۲۴ نوامبر) و پیروزی خانگی ۲-۰ مقابل کویینز پارک رنجرز (۳۰ نوامبر)، که روند گلزنی او را به چهار گل در چهار مسابقه متوالی رساند. او اولین بازی خود را برای تیم اصلی آرسنال به عنوان بازیکن تعویضی در شکست خانگی ۵-۰ مقابل چلسی در ۱۱ نوامبر ۱۹۹۸ در جام اتحادیه انجام داد و در نیمه دوم به جای دنیس برکمپ وارد زمین شد. در ۲۹ نوامبر ۱۹۹۸، کابایرو اولین بازی خود در لیگ برتر را در تساوی خانگی ۱-۱ مقابل میدلزبورو تجربه کرد، زمانی که در دقیقه ۷۴ مسابقه به جای فردریک لیونبرگ تعویض شد.
کابایرو در ادامه یک بار دیگر برای آرسنال به میدان رفت؛ در پیروزی خارج از خانه ۴-۲ دور سوم جام حذفی مقابل پرستون در ۴ ژانویه ۱۹۹۹، جایی که به امانوئل پتی در به ثمر رساندن یکی از گل‌های آرسنال پاس گل داد. او آخرین گل‌های خود را برای تیم ذخیره‌های باشگاه با زدن یک گل در پیروزی پرگل خانگی ۵-۰ مقابل کریستال پالاس در ۷ آوریل و زدن دو گل در پیروزی خانگی ۳-۱ مقابل ایپسویچ تاون در ۲۱ آوریل به ثمر رساند. کابایرو در رقابت‌های لیگ قهرمانان اروپا ۱۹۹۸/۹۹ آرسنال هیچ نقشی نداشت و پس از انجام سه بازی در تمامی رقابت‌ها، در ۹ ژوئن ۱۹۹۹ آزاد شد و برای پیوستن به باشگاه سابق خود، اتلتیکو تمبتاری، به پاراگوئه بازگشت.
تعداد بازی برای تیم اصلی آرسنال: ۳
متاسفانه کابایرو در محله ویلا مورا در آسونسیون، پاراگوئه، در ۲۷ سپتامبر ۲۰۲۴ بر اثر سکته قلبی هنگام بازی فوتسال در سن ۴۶ سالگی درگذشت. روحش شاد.