اشتفان مالز در اولین سال حضورش در آرسنال در ۱۱ بازی دو گل به ثمر رساند، از جمله یک گل در اولین بازی خود در برابر پرستون، اما در فصل بعد او تنها سه بار به عنوان بازیکن تعویضی به میدان رفت.
اشتفان در تابستان ۱۹۹۹ با مبلغ ۶۵۰,۰۰۰ پوند از مونیخ ۱۸۶۰ آمده بود، اما در طول دو فصل نتوانست خود را به خط هافبکی که پیش از این از استعدادهای پارلور، ویرا، پتی و لیونبرگ بهره می‌برد، تحمیل کند.
لحظات برجسته حضور او در هایبری، گل‌هایی در برابر پرستون و نیوکاسل بود که هر دو در اولین فصل حضورش در شمال لندن به ثمر رسید.
او همچنین در فینال جام یوفا در مه ۲۰۰۰ در کوپنهاگ، در لیست تیم حضور داشت که توپچی‌ها متحمل شکست ۴-۱ در ضربات پنالتی مقابل گالاتاسرای شدند. با این حال، این هافبک آلمانی از روی نیمکت به زمین نیامد.
در تابستان ۲۰۰۱، او به میهن خود بازگشت تا برای کایزرسلاترن در بوندس‌لیگا بازی کند.