این باشگاه در سال 1900 تاسیس شد. آنها با 22 قهرمانی لیگ و 15 قهرمانی جام حذفی، 5 قهرمانی سوپر کاپ آلمان و 6 قهرمانی لیگا پوکال یا جام پیش فصل آلمان پر افتخار ترین تیم این کشور هستند.
آنها در سطح بین المللی نیز باشگاه پر افتخاری هستند و 4 بار موفق به قهرمانی در لیگ قهرمانان شده اند، 1 بار جام یوفا را برده اند و 1 بار نیز قهرمان جام در جام اروپا شده اند. آنها 2 بار هم جام بین قاره ای را برنده شده اند. بایرن در سال 2006 و پس از جام جهانی از ورزشگاه قدیمی المپیک مونیخ به ورزشگاه مدرن و تازه تاسیس آلیانز آرنا نقل مکان کرد.
بایرن مونیخ در سال ۱۹۰۰ توسط یازده بازیکن فوتبال به رهبری فرانتس جان تأسیس شد.
آلمان که در بین هر دو جنگ جهانی حسابی درگیر بود سال های زیادی را باید در مورد فوتبالش سکوت کنیم ... اما بعد از آن ...
بایرن مونیخ اولین فصل حضورش در بوندسلیگا را با رتبه سوم به پایان رساند و در همان فصل نخست (۶۶–۱۹۶۵) موفق شد جام حذفی آلمان را نیز فتح کند، سال بعد یعنی فصل ۶۷–۱۹۶۶ آنها در یک فینال دراماتیک با پیروزی مقابل رنجرز اسکاتلند در وقت اضافه قهرمان جام در جام اروپا شدند و این اولین افتخار قارهای آنها بود، بایرن مونیخیها سالهای ۱۹۶۷ جام حذفی را فتح کردند و سال ۱۹۶۹ موفق شدند برای اولین بار بهطور همزمان قهرمان بوندسلیگا و جام حذفی شوند.
این روند مونیخی ها هیچ وقت ترمزی نداشت، آنها به معنای واقعی کلمه تیمی با اصالت هستند ...
بایرن مونیخ در سال ۲۰۲۰ موفق شد ششگانه را تصاحب کند. این تیم در آلمان هر سه جام بوندسلیگا، جام حذفی فوتبال آلمان و سوپر جام فوتبال آلمان را از آن خود کرد و پای به رقابتهای اروپایی گذاشت. در اروپا هم، لیگ قهرمانان اروپا، سوپرجام اروپا را به خانه برد و بالاخره با کسب جام باشگاههای جهان ۲۰۲۰ به تمام جامهای ممکن دست یافت تا با باشگاه بارسلونا تنها باشگاههایی باشند که به ششگانه رسیدند.