دوره ی کوتاه حضور استیوارت هوستون و بروس ریوچ در آرسنال به پیروی از ساختار جرج گراهام سپری شد ولی آرسنال هنوز به یک تاثیر و پاسخ بلند مدت نیاز داشت.
به طور قطع این اتفاق با حضور یک مرد فرانسوی تقریبا ناشناخته به وقوع پیوست تا باشگاه برای همیشه تغییر پیدا کند.آرسن ونگر پس از موفقیت جالب توجهش در موناکو و دوره ی مربی گری اش در ایت گریمپوس ژاپن، در سپتامبر 1996 به هایبوری رسید. او اولین سرمربی یا اصطلاحا رئیس در تاریخ باشگاه بود که اهل انگلستان نبود.
آرسنال آن فصل را در مکان چهارم به پایان رساند ولی مربی جدید از همان زمان ورود رسمی اش برای شروع اولین فصل کامل در سکان هدایت تیم را اعلام کرد. در مقطعی از فصل 1997/98، آرسنال با اختلاف 12 امتیاز نسبت به منچستر یونایتد، صدر را از آن خود داشت. با این حال با شرایط موجود در نیم فصل دوم مسابقات، آرسنال سرانجام دو بازی اضافه آورد و در همان زمان قهرمانی اش را تثبیت کرد، دو بازی پیش از پایان. در عرض دو هفته توپچی ها جام حذفی را نیز به این قهرمانی اضافه کردند تا ونگر در اولین فصل کاملش در جایگاه اول آرسنال به یک دوگانه(دبل) دست پیدا کند.
همان طور که شیوه ی بازی آرسنال در زمین در حال تغییر بود، مربیجدید سعی در ایجاد یک تحول در زندگی خارج از میدان بازیکنانش نیز داشت، از جمله تغییرات در ؤزیم های بازیکنان در طو تمرینات و همچنین نوعی سیستم در رژیم غذایی. مرد فرانسوی در مورد ترکیب تیمش بسیار دقیق بود و علاوه بر ترمیم بازیکنان بنیادی تیم مثل دیوید سیمن، تونی آدامز و دنیس برگکمپ، افرادی مانند پاتریک ویرا، امانوئل پتیت و مارک اورمارس را نیز به تیمش اضافه کرد.دیگر استعداد بی چون و چرای هایبری که تحت نظر ونگر نیز به شکوفایی ادامه داد، یان رایت بود. با نزدیک شدن به رکورد تاریخی گل زنی کلیف باستین، با ورود مرد فرانسوی، یان 179 گل جادویی اش را در بازی 13 سپتامبر 1997 برابر بولتون واندررز به ثمر رساند.
در آخر هم بهترین خرید تاریخ برای ونگر، تیری هانری، چوب خط رایت را در چیزی نیزدیک به هشت سال بعد رد کرد و رکورد را به خود اختصاص داد.هانری در آگوست 1999 قراردادش را امضا کرد، درست بعد از این که تیم آرسن ونگر در ماه می گذشته در رقابتی تنگاتنگ، قهرمانی را با یک امتیاز اختلاف به منچستر یونایتد واگذار کرد. در ابتدا توانایی مرد فرانسوی تازه وارد برای خو گرفتن با لیگ خشن و سریع جزیره مورد سوال بود، ولی بعد از باز شدن پای ستاره ی سابق یونتوس به گل زنی پس از انجام تنها هشت بازی، وی با به ثمر رساندن 26 گل در آن فصل تاثیر خوبی به جا گذاشت. شکست در فینال جام یوفا و جام حذفی باعث شد هانری به اولین جام در هایبوری دست پیدا نکند ولی این برای مدت چندان زیادی ادامه نداشت.
در فصل 2001/02، آرسنال به دوگانه ی تماشایی دیگری دست یافت، قهرمانی در لیگ برتر با 12 امتیاز اختلاف نسبت به لیورپول. آن ها در بازی آخر فصل منچستر یونایتد را در اولدترافورد شکست دادند و این درست چند روز پس از پیروزی 2-0 مقابل چلسی در فینال جام حذفی بود.ب وجود یک قهرمانی دیگر در جام حذفی در 2002/03، اما باز هم رقابت شانه به شانه برای توپچی ها موفقیت آمیز نبود. اگرچه آرسنال نتوانست در این فصل قهرمان شود ولی این بازی ها مقدمه ای برای رکورد شکست ناپذیری آن ها و کسب قهرمانی بدون حتی یک شکست در سال بعد آن ماجرا بود.
رکوردی که سلطنت طولانی مدت بر جای مانده از ناتینگهام فارست در بازی بدون شکست در لیگ را تحت الشعاع خود قرار داد. 49 بازی، 36 برد، 13 مساوی، بدون باخت – آرسنال واقعا یک "شکست ناپذیر" بود.ونگر سلطنت انگلستان را در اختیار داشت ولی اروپا هم چنان از او فراری بود. باخت در یک چهارم نهایی برابر چلسی در سال 2004 نزدیک ترین فاصله ی ونگر تا بزرگ ترین جام فوتبالی اروپا بود ولی در می 2006 با رفتن تمام راه تا رسیدن به فینال لیگ قهرمانان تغییر کرد.آرسن ونگر به سرعت تبدیل به یکی از روان ترین تیم ها در اروپا شد. این افتخارات با ساخت مکان جدید هنرنمایی توپچی ها در فبریه 2004 و نقل مکان از هایبوری به اشبرتون گراو به اوج رسید. درهای ورزشگاه امارات در تابستان 2006 به طور رسمی باز شد تا قدمی محکم برای ورود به دوره ی جدید برای باشگاهی با گذشته ای درخشان برداشته شود.
