کار جان هالز در رده‌های پایه آرسنال آغاز شد، جایی که در تیم قهرمان جام حذفی جوانان سال ۲۰۰۰ حضور داشت. با این حال، این مدافع جوان برای رسیدن به ترکیب اصلی در هایبری کار دشواری داشت و تنها چند بار در جام اتحادیه برای این باشگاه به میدان رفت. نخستین حضور او در جام اتحادیه به عنوان بازیکن تعویضی برابر منچستر یونایتد در نوامبر ۲۰۰۱ بود؛ بازی‌ای که هالز با دریافت دو کارت زرد از زمین اخراج شد. مانند بسیاری از جوانان آرسنال، او بارها به صورت قرضی منتقل شد؛ نخستین بار در ژانویه ۲۰۰۲ به کولچستر یونایتد رفت و شش بار برای تیم اصلی به میدان رفت.
این بازیکن تمام فصل ۲۰۰۲/۰۳ را در دسته اول بلژیک برای باشگاه بیورن و در کنار دیگر جوانان آرسنال از جمله گراهام استک، استیو سدوول و لیام چیلوِرز بازی کرد. این انتقال‌های قرضی در راستای توافقی میان دو باشگاه صورت گرفت که بین سال‌های ۲۰۰۱ تا ۲۰۰۶ برقرار بود. در اکتبر ۲۰۰۳، هالز بار دیگر به صورت قرضی این بار به استوک سیتی منتقل شد.
از آرسنال تا آرمانی؛ داستان مدل سابق توپچی‌ها
هالز پس از تحت تأثیر قرار دادن تونی پولیس، سرمربی تیم، در طول دوره قرضی، در دسامبر ۲۰۰۳ به صورت دائمی به استوک سیتی پیوست.